Značené cyklotrasy v okolí Lipna propojují klidnou přírodní oblast pravého břehu jezera s levým, který je vybaven kvalitním zázemím a službami, jež uspokojí i velmi náročné návštěvníky. Pro milovníky jízdy na kole je připraven systém několika navzájem propojených cyklotras značených dle známé celostátní metodiky Klubu českých turistů a tak je tato oblast doslova „Rájem pro cyklisty“.
Českokrumlovsko V obci Vyšší Brod začíná tzv. šumavská cyklostezka, která vede po levém břehu Vltavy přes Čertovu stěnu a Loučovice k hrázi Lipenské přehrady. Odtud dále po levém břehu Lipna až do Nové Pece a do hloubi národního parku Šumava. Úsek cyklostezky Vyšší Brod - Nová Pec byl dokončen za příspěvku z fondu Phare v roce 1999. Po pravém břehu Vltavy a Lipna vede z Vyššího Brodu do Nové Pece druhá cyklostezka, která využívá staré vojenské asfaltové cesty.