Oblast jižních Čech je z hlediska cykloturistiky velmi příznivá a terénní reliéf skýtá bohaté možnosti cykloturistických výletů. Rovinatá krajina kolem rybníků v Třeboňské a Českobudějovické pánvi poskytuje dobré možnosti rekreačních jízd i mimo silniční síť, na polních a lesních cestách značených pro pěší i cyklisty.
V posledních pěti letech se po celém území jižních Čech budují značené cyklistické trasy různých délek, k nimž jsou stejně jako v případě pěších tras vydávány podrobné mapy.
Na cykloturisty čeká v regionu navíc množství přírodních naučných stezek, které své návštěvníky informují o zajímavostech různých přírodních lokalit.
Cyklotrasa č.: 32 Délka: 52 km Trasa: Jindřichův Hradec - Horní Žďár - Dolní Žďár - Malíkov nad Nežárkou - Nová ves - Peršlák - Nový Vojířov – Nová Bystřice - Klášter - Landštejn - Staré Město p. Landštejnem - Slavonice Jedná se o část dálkové trasy Greenways Praha - Vídeň. Trasa je středně náročná. Délka jednotlivých úseků: J. Hradec - N. Ves: 12 km, N. Ves - Peršlák: 8 km, Peršlák - Landštejn: 20 km, Landštejn - Slavonice: 12 km. Celkem 52 km. Ze Slavonic pokračuje jako cyklotrasa č.48.
Cyklotrasa č.: 32 a 322 Délka: 26 km Trasa: Jindřichův Hradec - Dolní Žďár - Nová Ves - Prokopský kříž - Staňkov Z Jindřichova Hradce se nejprve napojíme na cyklotrasu č. 32 a pod Prokopským křížem z ní sjedeme na cyklotrasu č. 322, tzv. Česko-rakouskou příhraniční stezku. Od rybníka Staňkov můžeme pokračovat až do Chlumu u Třeboně.
Cyklotrasa č.: 1006, následuje 1003 Délka: 18 km Trasa: Klášter - Stříbrný vrch - Staré Město pod Landštejnem - Trojmezí - Maříž - Slavonice Cesta vede většinou hlubokými lesy. Částečne pojedeme po silnice, ze Starého města pod Landštejnem se silnice mění na zpevněnou stezku. Kolem Trojmezního kamene musíme dávat pozor na blízkost státní hranice.
Délka: 19 km Trasa: Landštejn - Blato - Hůrky - Potočná - Nová Bystřice Velmi pěkná trasa vede od hradu Landštejna kolem Žišpašských rybníků v obci Blato. Odtud pokračujeme směrem na Hůrky a poté na Potočnou. Zde přetneme hlavní silnici směrem na Hradiště, odkud pokračujeme po silnici až do Nové Bystřice.
Délka: 13 km Trasa: Jindřichův Hradec - Otín - Jindřiš - Jindřichův Hradec Z Otína se vydáme po polní cestě, dojedeme na hlavní silnici, po ní jedeme kousek do kopce a poté odbočíme doprava směrem na Blažejov. Před Blažejovem odbočíme směrem doleva do Jindřiše a odtud zpět do Jindřichova Hradce.